Исполнительным органом АНО ДПО "Института профессионального образования в сфере здравоохранения и социального развития" является руководитель образовательной организации - ректор, Гафаров Ильфат Радмирович, к.м.н., доцент, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.

В АНО ДПО "Института профессионального образования в сфере здравоохранения и социального развития" сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание (конференция) работников образовательной организации, педагогический совет, их деятельность регламентируется уставом АНО ДПО "Института профессионального образования в сфере здравоохранения и социального развития". Структурные подразделения, филиалы и представительства отсутствуют.